寧願燒盡，不願鏽壞
馬偕紀念醫院院徽是由代表醫療之「紅十字」與「焚而不燬」的圖案所構成，焚而不燬的圖案源自舊約聖經故事，即上帝以野地的荊棘燃燒卻不焚燬的記號，讓摩西產生敬畏之心，接受上帝呼召，歷經艱困，完成帶領以色列百姓脫離埃及人奴役的命運。
使命
以耶穌基督愛人如己、關懷弱勢之精神，提供民眾身、心、靈全人之醫治，以達成醫療傳道之宗旨。
願景
成為最受弱勢族群信賴的醫學中心。
成為投入最多資源從事偏遠地區醫療傳道工作之基督教醫院。
成為「服務品質」口碑第一的醫院。
成為生物醫學研究重鎮。
成為醫事與健康照護各職系訓練之標竿體系。
核心價值
誠實正直，謙遜憐憫。愛人如己，關懷弱勢。寧願燒盡，不願鏽壞。創新卓越，永續發展。